PCR digital untuk EGFR T790M dan C797S: Pelacakan Resistensi Sekuensial Setelah Terapi TKI

Gambaran umum

Resistensi terhadap terapi yang diarahkan oleh EGFR cenderung datang dalam urutan yang dapat diprediksi, dan tes ini dibangun di sekitar urutan itu.sementara C797S muncul setelah agen generasi ketiga telah dikerahkan terhadap T790MMenargetkan kedua substitusi dalam satu reaksi yang sangat sensitif mengubah kesan klinis yang samar dari perkembangan menjadi mekanisme pelarian yang diberi nama.

Cara Kerjanya

PCR digital membagi sampel tunggal yang disiapkan melalui ribuan partisi independen sebelum amplifikasi dimulai.Jadi setelah bersepeda instrumen menghitung kompartemen positif dan menerapkan statistik Poisson untuk memperoleh jumlah molekul absolut tanpa referensi kurva standarAllele-spesifik probe membedakan urutan mutan dari berlimpah wild-tipe latar belakang bahwa partisi adalah apa yang memungkinkan allele resistensi langka untuk dipanggil terhadap DNA normal yang luar biasa,yang penting karena pelarian klon sering mewakili sebagian kecil dari materi yang beredar pada saat perkembangan menjadi terlihat secara klinis.

Indikasi

Tes ini cocok untuk pasien yang mengalami perkembangan pada pengobatan yang diarahkan oleh EGFR di mana mekanisme pelarian harus dinamai sebelum jalur berikutnya dipilih.dan jaringan dapat digunakan jika sampel segar dapat diperolehIni juga mendukung pengambilan sampel berantai di seluruh perawatan, karena jumlah absolut memungkinkan perbandingan antara pengambilan alih-alih satu snapshot.karena pencairan bervariasi, sehingga konfirmasi jaringan tetap tepat ketika gambaran klinis tidak sesuai.

Spesifikasi dan Pelaporan

Konfirmasi volume darah yang dibutuhkan, batas deteksi yang dinyatakan sebagai fraksi alel mutan, dan jumlah salinan DNA yang diinterogasi per reaksi, karena input rendah secara diam-diam menurunkan sensitivitas.Laporan harus memberikan jumlah mutan mutlak dan jenis liar di samping fraksi, sebutkan setiap substitusi secara terpisah, dan catat apakah input berada di bawah ambang batas yang divalidasi.

Penyimpanan dan Sumber

Pekerjaan plasma diatur oleh jam. darah yang diambil ke tabung EDTA standar harus mencapai pemisahan dalam jendela yang ditentukan singkat, yang disimpan pada 2-8 ° C dalam transit,karena kerusakan leukosit membanjiri sampel dengan DNA jenis liar dan mengubur sinyalTabung stabilisasi sel memperpanjang jendela itu dan bernilai premi mereka di jaringan pengumpulan yang tersebar. Plasma terpisah diarsipkan beku.Jadwal kurir tertulis dan interval tarik-ke-pembagian yang didokumentasikan lebih penting di sini daripada untuk tes berbasis jaringan.

FAQ

T: Mengapa memilih PCR digital daripada panel sekuensing yang luas ketika resistensi dicurigai?Ketika pertanyaannya adalah apakah satu substitusi yang diketahui hadir, partisi menghitung mencapai batas deteksi yang lebih rendah dan kembali lebih cepat daripada urutan luas.Pilih panel lebar sebagai gantinya ketika rute pelarian benar-benar tidak diketahui.

T: Apa yang disiratkan oleh temuan C797S untuk terapi berikutnya?Ini menunjukkan bahwa kebocoran telah terjadi di situs pengikat yang ditargetkan oleh inhibitor generasi ketiga, jadi melanjutkan agen yang sama tidak mungkin membantu.Hasilnya harus didiskusikan berdasarkan pedoman pengobatan saat ini daripada dianggap sebagai instruksi resep..

P: Seberapa cepat plasma harus sampai ke laboratorium agar DNA yang beredar tetap dapat digunakan?Dengan pengumpulan EDTA standar, interval pengambilan hingga pemisahan diukur dalam jam, bukan hari.Konfirmasi jendela yang dinyatakan penyedia dan memvalidasi kurir Anda terhadapnya sebelum berkomitmen lokasi pengumpulan untuk alur kerja.